分子动力学解决方案

一、应用领域   

1.生物信息领域

    借助飞速发展的测序技术，全球基因组的数据正以超摩尔比的速度增长，每天将产生TB级的测序数据，同时给生物信息分析带来了严峻的挑战，尤其是数据分析中对计算资源和可靠存储的需求巨大。曙光深耕高性能计算二十余载，依托在生物信息领域积累的丰富经验，为生物信息用户提供全方位解决方案，为临床医学和基础科学研究提供有力技术支撑。

    基于生物信息分析在高性能计算中的需求特性，实子集群为用户提供完整的软硬一体化解决方案，包括面向组学分析的高性能计算集群、面向组学测序数据的海量存储及备份系统、面向临床及科研的组学生物信息分析的先进计算平台，以及面向集群管理的Gridview集群管理软件和EasyOP在线运维平台。

2.化工中的应用

分子动力学模拟在水表面性质上的研讨，因为水的结构中含有大量氢键，所以表面张力会比较大，要想对界面的性质更加了解必须从分子水平入手。例如 Matsumoto等利用分子动万学模拟的芳法研究了250-400k 是水表面的一些性质特点。它的方位结构也表明在表面的水分子有气向侧和液相侧两种取向。Wilson等也对水的表面势进行了计算，他的钻研领域有一个很重大的突破，便是表明水分子有表面的排列轴对称性，所以静电势与深公主体深度不呈单调的改变。同时油水界面和气液、气固界面的研究也是国内外研究的重点问题。

3.材料科学中的应用

最先采用分子动力学模拟方法研究固体性能的是Rahman等，他们以此来代替静力学计算.Zhong 等人便利用MBA研究Pd-H系统的热学稳定性，选用是的势函数是Morse势，结果表明氢脆的微观起因是氢饱和使某些区域的韧性和塑性增强，而且这一结果与假定的氢增强局域塑性的机制相符合。

分子动力模拟方法伴随着科技的进步，使用的领域越来越广泛。在化工领域，虽然之前大多应用在热力学方面的研究，但渐渐的传递性质的研究也慢慢的开始起步;在材料领域，以往方法只能给出原子的位置，但随着第一性分子动力学方法的兴起，现在能够同时给出晶体的结构和基态性质，也可以为复合材料的设计提供一些参考依据等等.......但这些研究领域都离不开高运算的服务器的帮助，有一台高运算能力的机器，能帮助您节省更多的时间。我司提供的相应解决方案可帮助您高效率的解决研究问题。

    二、实子集群高性能计算分子动力解决方案

1.采用双路Intel® Xeon® Scalable Processors（1/2/3/4nd）系列（主频高于2.5GHZ）4U高密度8节点超算平台，其适用于分子动力学应用，实现大规模并行；也可以作为超算中心或计算节点。

2.GPU计算平台，建议采用NVIDIA TESLA系列高性能计算卡，其适用于支持GPU的分子动力学应用，以及用户其自主开发的程序下的应用；

3.可选择支持2-4×PCI-E X16插槽，最高可支持2TB内存。

4.存储系统采用，36盘位大容量存储（I/O压力较大，存储读写性能要求高）；

5.所有节点采用Titanium Level（92%或以上）电源，提高电源转换效率，降低用户运维成本。结合集群管理监控软件，自动将空闲资源设置为待机或者关机状态，整体节能降低20%。

实子集群结合用户实际应用需求，帮助用户解决其应用难题，节约科研经费。